当时，少府五鹿充宗显贵，很得元帝宠幸，他治学《梁丘易》。汉宣帝在位时就赞赏梁丘氏的《易经》解说，元帝也很喜好其解说，想考辩梁丘氏与其他各家解说的异同，就命令五鹿充宗与《易经》学各家辩论。五鹿充宗凭仗着贵宠和能言善变，诸儒不能与他相抗衡，都借口有病不敢与会。有人推荐朱云，就把他召入。朱云提衣登堂，昂首提问，声音震动左右。开始辩论以后，他接连驳倒五鹿充宗。所以诸儒为他编了一句词儿：“五鹿高又高，朱云折其角。”由此朱云担任了博士，迁为杜陵县令。

　　到成帝时，丞相、故安昌侯张禹凭借皇帝老师的身份位至特进，（皇上）极为尊敬推崇他。朱云上书求见成帝，当时公卿大臣都在皇帝面前。朱云说：“如今的朝廷大臣，对上不能匡扶皇上，对下不能有益于百姓，都是空占着职位而不做事，白吃饭的人。臣请求陛下赐一口尚方斩马剑，斩一个佞臣，以此来劝勉其他人。”成帝问：“你要斩的是谁呀？”朱云答道：“安昌侯张禹。”成帝大怒，道：“你一个小官居于下位而毁谤上级，在朝廷上侮辱我的老师，罪死不赦！”御史拉朱云下朝堂，朱云攀住殿上的栏杆，栏杆被他拉断。朱云大呼道：“微臣我得以和龙逢（夏桀时忠臣，因谏被杀）、比干（商纣时忠臣，因谏被杀）在九泉之下交往，也就满足了，只是不知圣朝将要怎样？”御史便把朱云拉了下去。这时左将军辛庆忌摘掉官帽，解下官印和绶带，在大殿之上叩头，说：“朱云一向以狂傲直率之名著称于世。

假如他说的有理，就不可诛杀；他说的不对，也应该宽容。臣斗胆以死相争！”辛庆忌叩头流血。（这样）成帝的怒气才消解，然后才饶了朱云。后来要修治栏杆，成帝说：“不要换了！就把旧栏杆修修，用它来表彰直臣。” 朱云从此后就不再做官，常居住在户县的颖村中，有时带领着学生们乘牛车出来，所探访的人都对他很敬重。薛宣为丞相，朱云前往拜见。薛宣以宾主之礼相待，并趁机挽留朱云住宿，很随便地对朱云说：“您在田野间也没有事，暂且留在我的东阁中，可以看看天下的奇士。”朱云说：“小生想把我当成你的属吏么？”薛宣就不敢再提这事。

　　朱云七十多岁的时候，在家中去世。他病重时不请医不喝药。临终嘱咐用身上的便服入殓，棺木只须容身，墓穴只须容棺即可。（家人）只造个一丈五尺的小坟，（把他）埋葬在平陵东郭之外。